Structura Agenției Navale a Republicii Moldova

Director

Director adjunct

Direcția generală Căpitănia Portului Giurgiulești 

Direcția dirijare, monitorizare trafic și control portuar

Direcția servicii de siguranță portuară

Direcția siguranța navigației interioare

Direcția înregistrări nave, reglementări tehnice și evidență a personalului navigant

Direcția juridică, cooperare internațională și comunicare

Serviciul controlul statului-port/statului-pavilion

Secția economico-financiară

Serviciul tehnologia informației și comunicațiilor

Serviciul resurse umane și managementul documentelor